Bắt đầu câu chuyện, bạn tỉnh dậy trong căn cứ tổ chức Clear Sky. Rời giường, bạn đến nói chuyện với chủ quán bar Cold (nhấn phím P mở máy PDA để xác định vị trí, xem nhiệm vụ nếu cần), sau đó đến gặp thủ lĩnh Lebedev...
Bắt đầu câu chuyện, bạn tỉnh dậy trong căn cứ tổ chức Clear Sky. Rời giường, bạn đến nói chuyện với chủ quán bar Cold (nhấn phím P mở máy PDA để xác định vị trí, xem nhiệm vụ nếu cần), sau đó đến gặp thủ lĩnh Lebedev. Nhiệm vụ đầu tiên của bạn trong trò chơi là giúp đỡ trạm gác The Outpost. Hãy ghé thương nhân Suslov nhận vũ khí, rồi đến chỗ nhân vật Guide để được đưa đi.
Hiện tại, bạn đã ở trong vùng Swamp. Đó là một nơi đầy rẫy các điểm anomaly có thể khiến bạn mất mạng. Nếu đang cầm ống nhòm, nhấn phím số 5 để cất (đồng thời trở về tư thế tay không),nhấn tiếp phím số 6 để lấy bu-lông, ném vào các khoảng không trước mặt để dò anomaly. Nhấn phím chữ O để lấy máy dò Echo detector nhằm tìm artifact tên Jellyfish (nằm ở bụi cây bên trái nếu bạn đi thẳng tới, khi đến gần detector sẽ phát sáng và kêu inh ỏi). Khi đến điểm đích, bạn trèo lên trạm gác để hoàn thành nhiệm vụ, rồi xuống đất dùng súng ngắn hoặc shotgun hạ những con mutant (quái vật đột biến) xuất hiện ngay sau đó. Lúc này, nếu nhanh tay, bạn có thể lục soát 3 thi thể tại đây để lấy thêm ít đồ. Điều quan trọng là bạn cần ẩn nấp trong toa tàu khi có dấu hiệu của 1 đợt emission. Bạn sẽ được đưa về lại căn cứ Clear Sky.
Tìm thủ lĩnh Lebedev và nói chuyện với ông ta. Bạn sẽ phải chấp thuận làm việc cho ông ta nếu muốn tiếp tục trò chơi. Tìm thương nhân Suslov để nhận phần thưởng (sử dụng câu thoại "You got something for me?"). Bạn cũng có thể gặp gỡ các nhân vật nhóm trưởng xem họ có cần giúp đỡ gì không (mỗi lần chỉ nhận được 1 nhiệm vụ tìm đồ vật và một số nhiệm vụ cung cấp đạn dược), nhưng điều quan trọng lúc này là đến chỗ của tay kỹ sư Gray. Bạn không cần phải tìm cách lấy súng Akm 72U (loại nòng cụt ) ở chỗ ông ta, vì lượng đạn cho loại súng này hiện rất hiếm. Ông ta giao cho bạn một số nhiệm vụ tìm thông tin nâng cấp. Gray cũng giúp bạn sửa chữa và nâng cấp súng, giáp nếu bạn có khả năng thanh toán. Đến gặp nhân vật Guide 1 lần nữa để vào lại Swamp.
Khi xuất hiện, bạn đang ở khu vực Fishing Hamlet. Mở PDA, bạn sẽ thấy có hàng loạt điểm chiến sự đang diễn ra giữa Clear Sky và Renegade. Chọn tấn công hướng nào cũng được, nhưng hãy chú ý kẻo bị bầy mutant cấu xé giữa đường. Nếu đi theo hướng Bắc, bạn sẽ đánh chiếm Pump Station. Sở dĩ tôi chọn vị trí này đầu tiên là vì có một tên Renegade sử dụng khẩu Viper 5. Sau khi kiểm soát Pump Station, tịch thu khẩu Viper 5, công việc kế tiếp là mở PDA xác định vị trí và hướng đi của bọn viện binh Renegade muốn tái chiếm điểm chiến sự này. Chặn đường phục kích chúng để hoàn tất nhiệm vụ giúp Clear Sky chiếm Pump Station từ tay Renegade. Trở về căn cứ Clear Sky (thông qua Guide) để tiến hành nâng cấp Viper 5, quan trọng nhất là thay loại đạn (sử dụng loại 9x18mm có rất nhiều thay vì 9x19mm). Trở lại Fishing Hamlet, đi theo đường mòn hướng Đông Bắc, bạn sẽ thấy có 1 tháp canh (nếu Renegade đang chiếm tháp này thì các nhân vật nhóm trưởng sẽ có đề nghị nhiệm vụ chiếm tháp này). Ở các thùng gỗ trên tháp có ống ngắm PSO-1 dành cho AK nòng dài (Akm 74/2 hoặc AC96/2). Lấy nó để sử dụng sau này. Tiếp tục thực hiện tuyến nhiệm vụ chính cho đến khi có nhiệm vụ nhờ Guide ở Southern farmstead đưa sang Cordon.
Guide đưa bạn sang Cordon. Nhiệm vụ mới là tìm thương nhân Sidorovich nhưng phe Military bắn chặn rất dữ dội, không cho bạn đi sâu vào bên trong. Giải pháp an toàn: quay trở lại Swamps, đi lên phía Bắc đến Machine yard rồi vào Cordon theo lối vào hướng Đông Bắc. Các lối vào phần đất Nam Cordon (ranh giới ngăn cách là tuyến đường ray xe lửa). Bạn đến Neutral base (căn cứ Stalker mé trái), nhờ Guide đưa đến Village Center rồi gặp Sidorovich trong 1 hầm trú ẩn để hoàn thành nhiệm vụ. Ra khỏi Village Center, bạn đi bộ theo hướng Bắc đến Neutral base, trên đường sẽ có một vụ đấu súng giữa Military và Stalker. Đáp ứng lời kêu gọi của Stalker, hãy hạ mấy tên Military. Sau đó tiến hành làm tuyến nhiệm vụ chính. Tận cùng phía Nam Cordon là doanh trại Military từng bắn chặn bạn ban đầu – nơi đây sẽ "cấp" nhiều AK và đạn dược nếu bạn đủ sức tấn công.
Sang Garbage theo lối vào hướng Bắc, đám Bandits sẽ chặn bạn lại để cướp tiền. Cho chúng biết tay hoặc bỏ chạy là tùy bạn. Thực hiện tuyến nhiệm vụ chính cho đến khi gặp Vasyan ở một góc Cordon (giữa 2 lối vào Dark Valley – căn cứ phe Freedom) thì hãy mua hết thông tin từ gã này về các điểm stash. Nếu có 20400RU, bạn có thể chạy sang Yanta (đi qua Agroprom Research Institute), tìm gặp nhà khoa học Sakharov bên đó để mua giáp SEVA suite giá 18750RU và máy dò Veles detector giá 1650RU. Nếu có Veles detector, bạn săn tìm artifact rất dễ dàng. Thỉnh thoảng, hoặc khi đến gần các nơi có điểm anomaly, điện, chất độc hóa học, bạn hãy lấy máy dò để xác định có artifact hay không.
Sang Dark Valley thực hiện tuyến nhiệm vụ chính cho đến khi xuất hiện nhiệm vụ "Catch up with Fang" bên Cordon. Do ở nhiệm vụ này, bạn sẽ bị bọn Bandits trấn lột toàn bộ (chỉ có thể lấy lại được đồ) nên hãy xài hết tiền như nâng cấp giáp, súng, mua thông tin stash... Bạn có thể bỏ hết đồ đạc ra rồi mới làm nhiệm vụ này (để sau đó lấy lại ngay cho tiện).
Đến đây, có lẽ bạn đã hiểu một phần của trò chơi S.T.A.L.K.E.R Clear Sky. Còn rất nhiều thử thách đang chờ đón bạn, ví dụ như quay lại Swamp để dò tìm art